God of War III inicia imediatamente no final de God of War II, com Kratos montado em Gaia e os outros Titãs escalando o Monte Olimpo em encontro aos deuses. No topo da montanha, Zeus, Poseidon, Hades, Hermes e Helios se preparam para a batalha. Kratos em seguida aparece fazendo seu caminho passando pelo braço direito de Gaia, quando um leviatã, aparece e começa a atacar Kratos. Depois da batalha e de aparentemente matar um dos vários leviatãs, ele encontra com Poseidon em sua forma aquática. Depois de enfraquecê-lo, Kratos tiraPoseidon de dentro de sua "armadura aquática" e começa a espanca-lo, consequentemente matando Poseidon. Gerando uma inundação enorme que engole o mundo em água, fazendo com que apenas pudesse se ver pequenas partes das montanhas que ali ficavam. Mais tarde,Kratos e Gaia chegam ao topo do Monte Olimpo, e encontram com Zeus. Depois de uma conversa entre pai e filho, acabam sendo derrubados do Monte Olimpo por um raio dele. Após ambos serem jogados para trás, Gaia tenta se segurar ao Monte Olimpo mas acaba fazendo com que Kratos não consiga se segurar nela. Gaia diz que não pode ajudá-lo, e explica para Kratos que se ela ajudá-lo ambos iriam cair. Ela fala que a guerra dos Titãs com os Deuses é mais importante que a vingança de Kratos, e que ele fora um mísero peão para essa luta. Após isso, ele cai do Monte Olimpo enquanto Gaia continua tentando se segurar.

Durante a queda, Kratos e a Blade of Olympus (Espada do Olimpo) são separados, com Kratos caindo no rio Estige. Ele nada até a margem, mas conforme vai se aproximando da borda, as almas do submundo tiram suas forças, diminuindo sua barra de vida, e de magia, tirando todos os seus red orbs e deixando as Blade of Athena (Lâminas de Atena) completamente inutilizáveis. Emergindo do rio, Kratos encontra o espírito de Atena, que lhe dá as Blades of Exile (Lâminas do Exílio), em troca de sua confiança. Mais tarde, Kratos recupera a Blade of Olympus (Espada do Olimpo) e com Atena mais uma vez para guiá-lo, sai em busca da Flame of Olympus (Chama do Olimpo), na qual Atenadisse que era de onde os Olimpianos tiravam a força deles. Emergindo do submundo, depois de matar Hades e roubar sua alma; e consequentemente liberando todas as almas que o submundo guardava; Kratos encontra Gaia, a causadora de sua queda, tentando voltar à guerra no Monte Olimpo. Com raiva por ela negar sua vingança contra Zeus, Kratos corta a mão dela fora, fazendo-a cair.

Durante o caminho, Kratos elimina Helios, que em consequência de sua morte, acaba fazendo com que a lua ficasse na frente do Sol, causando um eclipse permanente e envolvendo o mundo numa chuva e escuridão eterna. Após uma longa jornada, ele descobre que a Flame of Olympus (Chama do Olimpo) estava guardando a Caixa de Pandora, que continuou a existir depois do seu encontro com Ares. Seu conteúdo é dito ainda ser capaz de matar um deus, Atena explica para ele que a única maneira de extrair a Flame of Olympus (Chama do Olimpo) é achar Pandora, que é a chave para extrair a Chama e possibilitar que a caixa seja aberta novamente. Mas a frente ele derrota Hermes, cuja morte libera uma praga envolve todo o resto da humanidade que sobreviveu as inundações e a outras calamidades. Em seguida ele encontra seu irmão, Hercules, Kratos o mata e adquiri as Nemean Cestus (Cestus de Neméia). Quando Hefesto descobre os planos de Kratos de encontrar Pandora, ele sugere que Kratos vá para o Tartároem busca da Omphalos Stone, para que Hefesto pudesse criar uma arma digna de um Deus da Guerra. Sendo que na verdade sua real intenção era matar Kratos para que ele não chegasse a encontrar Pandora, mas Kratos não sabia que em sua ida até lá, teria de encontrar com Cronos, e matá-lo, sem comentar o fato de que a pedra estava dentro do próprio titã. Depois de matar Cronos, e entregar a pedra a Hefesto, assim, Kratos recebe a Nemesis Whip (Chicote de Nemesis), eHefesto tenta matá-lo logo após dar a arma, numa tentativa de salvar Pandora, sua "filha". Kratos anda por diversos lugares, indo e voltando por vários locais, viajando pelas Chains of Balance, correntes que ligam o Monte Olimpo e o submundo, e acaba encontrando Pandora, dentro do Labirinto. O labirinto foi uma construção de Dédalo, Zeus fez com, que ele construísse esse labirinto para guardar Pandora lá dentro, como se fosse um objeto a ser ocultado e excluído de todo o mundo. Depois de se libertar do Labirinto, junto com Pandora, Kratos desce ao submundo para quebrar as Chains of Balance e possibilitar que ele suba novamente ao Olimpo e traga o Labirinto para lá.

 Kratos e Pandora se encontram em um salão aonde esta a Caixa de Pandora. Lá, eles encontram Zeus. Kratos o ataca e começa a primeira parte da batalha final do jogo. Depois de Kratos derrubar Zeus. Pandora sacrifica-se para abrir a Caixa de Pandora contra a vontade de Kratos, que a esta hora não queria perder Pandora, numa tentativa de reinstituir a família que ele tinha perdido. Ele abre a caixa, só para descobrir que ela estava vazia. Furioso, Kratos reencontra Zeus em um local nas proximidades, onde novamente se envolvem em uma batalha. No meio da batalha, Gaia emerge e, furiosa, decide esmagar ambos, pelo fato de que ela considerava que Kratos que tinha traido os titãs. Para evitar seu ataque, eles pulam dentro de Gaia através de um buraco perto de seu pescoço. Dentro de Gaia, Kratos e Zeus começam a batalhar, dando início a segunda parte da batalha final do jogo. Terminando com Kratos transpassando tanto Zeus quanto o coração de Gaia com a Blade of Olympus (Espada do Olimpo), destruindo a Titã com Zeus junto. Aparentemente morto, Zeus libera seu espírito para atacar Kratos, deixando-o desarmado. O espírito de Zeus então, possuído pelo medo que corrompeu ele após a Caixa de Pandora ter sido aberta pela primeira vez, tenta fazer com que o medo entre na mente de kratos, e o jogo nos leva em uma breve viagem a mente de Kratos . Lá, ele finalmente encontra uma maneira de se redimir por suas falhas, perdoando a si mesmo por seus pecados passados, e aprende que a esperança é a sua arma mais poderosa. Voltando a si, Kratos acorda, luta, tortura, e finalmente destrói o espírito de Zeus, matando o Deus dos Deuses. Mas aparentemente não causando nenhum dano ao mundo, apenas raios que agora desciam dos céus mais frequentemente.

O espírito de Atena aparece, exigindo a Kratos o poder que tirou da Caixa de Pandora.Ele responde que estava vazia, o que Atena não acredita. Mas então ela explica que, quando Zeus prendeu todos os males do mundo dentro da caixa, ela temia o que poderia acontecer caso ela viesse a ser aberta, e colocou seu próprio poder dentro da caixa, a esperança. Ela então percebe que, quando Kratos abriu a caixa ao derrotar Ares, o mal escapou e contaminou os deuses, enquanto que Kratos ficou com a Esperança, o poder que Atena havia colocado dentro da caixa. Atena novamente pede a Kratos seu poder de volta, acreditando que ela saberia a melhor forma de usá-lo para reconstruir o mundo. Dizendo que iria fazer uma mensagem para todo plano terrestre. Kratos dúvida muito que a suposta mensagem que Atena daria ao mundo fosse resolver algo, aquela altura, um eclipse eterno fazia o mundo em completa trevas, os mares estavam cobrindo tudo, as plantações mortas, todos os humanos infectados por pragas.Em vez de devolver a Esperança, Kratos tira a própria vida com a Blade of Olympus (Espada do Olimpo), liberando a energia para toda a humanidade a usar. Enfurecida, Atena pensa que o mundo não vai saber o que fazer com a esperança, e sai do local esvaeçendo aos poucos. No chão, uma poça de seu próprio sangue, Kratos ainda tem lenta respiração. E devagar, a câmera vai saindo do local e escurecendo, dando início aos créditos do jogo.

No final dos créditos, há uma pequena cena, onde Kratos já não está mais no local onde ele caiu, ao lado do Blade of Olympus (Espada do Olimpo), e apenas dá para se notar um pequeno rastro de sangue indo em direção a borda do abismo. Há muita especulação e mistério sobre essa cena, pois aonde Kratos supostamente "morreu", há um símbolo de uma ave talhado no local. Há indícios de que a ave talhada é uma fênix, simbolizando sua ressureição.

Ainda no final, vale notar que os tornados vão sumindo, as nuvens negras também, e o sol reaparece